creation_d_une_liaison_arg-ligand
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Liaison entre ARG et ligand QVR (urgu)
- Dans Coot: Calculate, Module… CCP4. Dans l'onglet CCP4, Make Link via Acedrg. Cliquer successivement sur les 2 atomes à lier, ce qui entraîne la création des fichiers acedrg-link-from-coot-ARG-QVR_link.* . Le fichier acedrg-link-from-coot-ARG-QVR_link-hack.cif est utilisé pour l'affinement dans Phenix en lieu et place du fichier QVR.cif. Attention à vérifier que les atomes d'hydrogène à supprimer dans le fichier PDB après la création de la liaison sont ceux notés “delete” dans le fichier cif.
- Dans Phenix, Refinement settings, Model interpretation, choisir “Add link to CIF” Data link: ARG-QVR, Residue selection 1: (chain 'E' and resid 17), Residue selection 2: (chain 'E' and resid 501).
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