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CONNEXION AUX RESSOURCES
1. TERMINAL
Nous vous invitons à vous connecter sur hpc-login.u-strasbg.fr par ssh :
ssh -Y <login>@hpc-login.u-strasbg.fr
<login> : votre login sur le centre de calcul. L’option -Y permet de propager l’affichage graphique si nécessaire.
2. PUTTY
PuTTY est un client SSH et telnet pour Windows. Vous pouvez télécharger ce client ici : https://www.putty.org.
Voici comment configurer la connexion :
- Session > Host Name : hpc-login.u-strasbg.fr ;
- Connection > Data : Auto-login username : <login> ;
- Connection > SSH > Auth : Private key file for authentication : indiquez le chemin vers votre clé ssh privée ;
- Connection > SSH > Auth > X11 : cochez Enable X11 forwarding si vous avez besoin d'un affichage graphique (pensez à lancer un serveur Xming au préalable) ;
- vous pouvez ensuite sauvegarder/charger vos réglages dans l'onglet Session.
DÉCOUVRIR VOTRE ENVIRONNEMENT
The different program preinstalled on the HPC can be loaded with the module command.
List the loaded modules:
module list
List the available modules:
module avail
You can specify the beginning of the module name to shorten the list
Load a module:
module load module-name/version
It is not mandatory to specify the version, it will be indicated when loading. The required other modules will also be loaded automatically and listed.
List of potential useful modules for us:
- amber/amber14
- ccp4/ccp4-7.0
- charmm/charmm
- chimera/chimera-1.11.2
- cistem/cistem-1.0.0
- matlab/r2021a
- phenix/phenix-1.17.1
- R/R-3.6.1
- relion/relion-3.1.2
- vmd/vmd